临床上应与三叉神经痛，喉上神经痛，膝状神经痛，蝶腭神经痛，颈肌炎病和颅底，鼻咽部及小脑脑桥角肿瘤等病变引起者相鉴别。

1、三叉神经痛：两者的疼痛性质与发作情况完全相似，部位亦与其毗邻，第三支痛时易和舌咽神经痛相混淆，二者的鉴别点为：三叉神经痛位于三叉神经分布区，疼痛较浅表，“扳机点”在睑，唇或鼻翼，说话，洗脸，刮须可诱发疼痛发作;舌咽神经痛位于舌咽神经分布区，疼痛较深在，“扳机点”多在咽后，扁桃体窝，舌根，咀嚼，吞咽常诱发疼痛发作。

2、喉上神经痛：喉深部，舌根及喉上区间隙性疼痛，可放射到耳区和牙龈，说话和吞咽可以诱发，在舌骨大角间有压痛点，用1%丁卡因卷棉片涂抹梨状窝区及舌骨大角处，或用2%普鲁卡因神经封闭，均能完全制止疼痛可相鉴别。

3、膝状神经节痛：耳和乳突区深部痛常伴有同侧面瘫，耳鸣，耳聋和眩晕，发作后耳屏前，乳突区及咽前柱等处可出现疱疹，疼痛呈持续性，膝状神经节痛者，在咀嚼，说话及吞咽时不诱发咽部疼痛，但在叩击面神经时可诱起疼痛发作，无“扳机点”。

4、蝶腭神经节痛：此病的临床表现主要是在鼻根，眶周，牙齿，颜面下部及颞部阵发性剧烈疼痛，其性质似刀割，烧灼及针刺样，并向颌，枕及耳部等放射，每天发作数次至数十次，每次持续数分钟至数小时不等，疼痛发作时多伴有流泪，流涕，畏光，眩晕和鼻阻等，有时舌前1/3味觉减退，上肢运动无力，疼痛发作无明显诱因，也无“扳机点”，用1%丁卡因棉片麻醉中鼻甲后上蝶腭神经节处，5～10min后疼痛即可消失。

5、颈肌部炎性疼痛：发病前有感冒发热史，单个或多块颈肌发炎，引起颈部或咽部痛，运动受限，局部有压痛，有时可放射到外耳，用地卡因喷雾咽部黏膜不能止痛。

6、继发性舌咽神经痛：颅底，鼻咽部及小脑脑桥角肿物或炎症等病变均可引起舌咽神经痛，但多呈持续性痛伴有其他脑神经障碍或其他的神经系局限体征，X线颅底拍片，头颅CT扫描及MRI等检查有助于病因诊断。