软下疳不经治疗的自然病程可持续数月，小的病损可在2-4周内愈合。原则上应根据药敏试验结果选用敏感抗生素治疗。

1、系统药物治疗：可选用阿奇霉素1.0g顿服，或红霉素500mg,每天4次，疗程7天；也可用头抱曲松250mg或大观霉素2.0g,1次肌肉注射。

2、外用药物治疗：可选用0.1%利凡诺溶液、1：5000高镒酸钾溶液或3%双氧水局部清洗,并外用红霉素软膏；肿大淋巴结不可切开引流，应从邻近正常皮肤处潜行进针抽取脓液，也可注入抗生素治疗。

3、合并HIV感染的处理：这类患者有溃疡愈合更慢，疗程要更长，短程治疗往往失败，应用两种以上抗生素联合用药。有条件时应从病灶中分离杜克雷嗜血杆菌作抗生素敏感试验。治疗3-7天后，应对患者进行再次检查，若治疗有效，3日内溃疡症状即有改善，7日内溃疡即可见明显愈合。否则，应考虑：诊断是否正确，是否同时合并另一种STDs病原体感染；是否同时有HIV感染；或杜克雷嗜血杆菌是否对抗生素耐药。通常，溃疡愈合的时间和溃疡大小有关，较大的溃疡可能需要两周才能愈合。

4、手术疗法：晚期已形成组织破坏、瘢痕及畸形者，可行外科手术治疗。对包茎病人应先用以上药液浸泡或湿敷，治愈后应行包皮切除术。