有很多有效的药物。通常有几种抗生素可用于治疗溶组织内阿米巴。如果溶组织内阿米巴感染没有使患者生病，受感染者将只接受一种抗生素治疗，如果患者一直感到不舒服，很可能会被开两种抗生素。否则，下面是其他治疗方法。

肠道感染：通常使用硝基咪唑衍生物（如甲硝唑），因为它们对阿米巴的滋养体形式非常有效。由于它们对阿米巴囊肿的作用很小，通常治疗后会有一种药物（如帕罗霉素或糠酸二氧苯酯）作用于内腔中的有机体。

肝脓肿：肝脓肿的治疗除了以固体组织中的有机体为靶点外，主要是用甲硝唑和氯喹等药物，还必须包括作用于肠腔的药物（如前一段所述），以避免再次侵袭。手术引流通常是不必要的，除非破裂是迫在眉睫。

中药鸦胆子仁、大蒜素、白头翁等也有一定疗效，且副作用小。