阿米巴病的临床表现较多变化，常有迁延现象，即病程延长，症状隐显无常。按WHO建议的临床分型可分为无症状的带虫感染和有症状的侵袭性感染。前者占90%以上，绝大多数系复合体中非侵袭种的感染。后者又分肠阿炎巴病（包括阿米巴痢疾、肠炎，阿米巴肿，阿米巴性阑尾炎等）和肠外阿米巴病（包括阿米巴肝、肺、脑脓肿及皮肤阿米巴病等）两类。

典型的阿米巴痢疾以常伴有腹绞痛及里急后重、含脓血糖液便的急性腹型的痢疾已不多见，大多表现为亚急性或慢性迁延性肠炎，可伴有腹胀、消瘦、贫血等。

肠外阿米巴病以阿米巴肝脓肿最多见，系血行播散，好发于肝右叶，常伴肠阿米巴病史，大多起病缓慢，有弛张热、肝肿大、肝区痛及进行性消瘦、贫血和营养性水肿等。

阿米巴肺脓肿较少见，有肝源性和肠源性。前者多由阿米巴肝脓肿直接穿破所致;后纱血路传播，病灶不限于右下叶。极少数情况下，肝脓肿可穿入心包、穿破腹壁。

肠道阿米巴也可进入肛周、阴道、尿道等引起相应部位的脓肿或炎症。常见并发症有肠炎、阿米巴肿、阿米巴性阑尾炎等。