1、药物治疗：轻、中度非脑膜、肺外受累，可用氟康唑或伊曲康唑治疗；严重病例可用两性霉素B静脉注射，根据感染程度连续用药。不能耐受唑类药物的患者可用两性霉素B静脉注射。对继发性感染者应从速进行两性霉素B、、氟康唑或伊曲康唑等治疗，疗程宜长，用量必须足够。变态反应性病变严重者可考虑应用皮质类固醇治疗，但应防止因而引起的病菌播散。
2、手术治疗：球孢子菌骨髓炎可用外科手术切除受累骨骼。如有残留的良性肺部病变，为避免发生反复咯血，可考虑予以手术切除。
3、其他治疗：低危患者中原发感染者可通过休息、加强营养等而很快恢复。
