性功能障碍可分为四大类：性欲障碍（Hypoactive sexual desire disorder）、唤起障碍（Sexual arousal disorder）、性高潮障碍（Anorgasmia）以及性疼痛障碍。

性欲障碍

性欲低落障碍（Hypoactive sexual desire disorder，性欲过低症）的特征在于患者在一段时间内，缺乏或完全没有进行性行为的欲望或出现性幻想。这一障碍的定义广至一般性地缺乏性欲，窄至对现在的性伴侣缺乏性欲。患上性欲低落障碍的人在这之前可能性功能正常，也可能经常保持在低性欲状态。

它的成因因人而异。可能的病因包括女性雌激素水平下降、两性皆会出现的睾酮水平下降、年老、怀孕、疲倦、药物（比如选择性5-羟色胺再摄取抑制剂（SSRIs））、像焦虑症和抑郁症般的精神疾病。虽然性欲低落的原因有许多，但当中只有一部为实证研究的目标。

性唤起障碍

性唤起障碍（Sexual arousal disorder）在以前一般称为性冷感（frigidity，专用于女性）及性无能（impotence，专用于男性），现今就改用相对较不带有主观判断的用词。性无能改称勃起功能障碍；性冷感则分拆为若干可分作四大类别的特定障碍：缺乏性欲、缺乏性唤起、缺乏性高潮，以及在性行为过程中感到疼痛。它一般是指对性刺激缺乏生理或心理反应。

患上这一种障碍的男女皆可能会将其具体表现作避免及不想跟伴侣发生性接触。男性的具体表现可为阴茎在性行为期间无法勃起或维持勃起、在性行为期间缺乏性快乐及性兴奋。

这一障碍可因生理因素而起，比如血流下降或阴道分泌液缺乏。慢性疾病及跟伴侣的关系也是其原因。

勃起功能障碍

勃起功能障碍是指阴茎在性行为期间无法勃起或维持勃起。它的成因各式各样，其中包括神经系统病变、糖尿病，以及心血管疾病；心血管疾病会使流入阴茎组织的血流减少。

勃起功能障碍的成因包括心生理两方面。心因性的勃起功能障碍可透过患者认为能有帮助的事物或行为来解决——安慰剂治疗对此有着强烈的效果。相比之下，物理损伤会显得较为严重。勃起功能障碍的成因之一为严重的骨盆神经受损，该些神经从骶丛延伸至前列腺旁边，结肠和前列腺手术皆可使其受损。

糖尿病也是勃起功能障碍的普遍成因之一，对于男性而言更是如此。勃起功能障碍的原因还包括心血管疾病、多发性硬化症、肾衰竭和脊髓损伤等疾病。

据估计，约3000万名美国男性患有勃起功能障碍，以全球计则有1.52亿名男性患上之。然而相关报告数字仍因医学知识水平低下、社会污名等因素而低于实际水平，使得研究者难以准确估计。

拉丁语“impotentia coeundi”的意思是指阴茎丧失跟阴道接合的能力；现今则较多以更精确的用语代指这种情况，比如“erectile dysfunction”。

早发性射精

早发性射精指的是当事人在伴侣达至性高潮之前射精，或在满意的性行为持续时间前射精。尽管性交的持续时间并没有正确标准，但一般而言研究者会判断从接合开始计少于2分钟即为早发性射精。要诊断当事人患有早发性射精，其必须符合“具有早发性射精的慢性病史”、“控制射精能力欠佳”和“该问题引起自身或伴侣的不满”这些条件。

以往早发性射精一般视作是心理因素所导致的，但新的理论指出其可归因于神经生物因素。

性高潮障碍

性高潮障碍（Anorgasmia）是指当事人在经历包含最少75%时段性接触的正常性兴奋期后，仍不能或难以达至高潮的情况。这一障碍可由生理、心理或药物因素所导致。SSRI型抗抑郁药是一类常会引起性高潮障碍的药物，因为它们能使高潮延迟，甚至使其完全消失。更年期也是性高潮障碍的成因之一，约33%经历过更年期的女性报称在达至高潮这一问题上出现困难。

性疼痛障碍

性疼痛障碍，亦称性交疼痛，是指性交过程中所出现的疼痛。这一障碍以女性患者占大多数。阴道痉挛是指因为骨盆底肌肉无意识地绷紧，而令女方在性交或往阴道插入任何物件时感到痛苦，这跟性交疼痛有密切关系。

性交疼痛可能是由女性阴道润滑液缺乏所致，更年期及哺乳期期间的激素变化会导致阴道润滑液分泌减少，此外性兴奋不足也会导致之。杀精药膏过敏及对性存有恐惧也是其可能成因。

阴道痉挛的根本成因为对性交疼痛存有恐惧，其风险因子包括性侵犯史、曾患有子宫内膜异位症及阴道炎。外阴疼痛及外阴前庭炎为另外两类的性疼痛障碍，主要影响妇科外阴部位，其原因未明。

性高潮后障碍

性高潮后障碍会使人于高潮或射精过后产生症状。性交后忧郁指的是性交后感到忧郁或焦虑，可于性交后5分钟-2小时发生。部分人在性活动期间感到头骨和颈部存有痛楚，这称为性头痛。

一小部分男性患有性高潮后病情症候群（POIS），患者在射精后可能会感到全身肌肉严重疼痛，以及其他相关的症状，症状可持续长达一周。一些医生推测性高潮后病情症候群在人民中出现的机率可能比已经在学术文献中报告的更大，而且许多性高潮后病情症候群患者尚未确诊。其症状包括呼吸急促、感觉异常、心悸、头痛、失语、恶心、眼睛发痒、发烧、肌肉疼痛、虚弱和疲劳。这种病症的病因尚不清楚，但它被认为跟免疫系统或自主神经系统有关。美国国立卫生研究院定义它为罕见疾病；它没有已知的治愈方法或治疗方法。

盆底功能障碍

盆底功能障碍（Pelvic floor dysfunction）是男女性功能障碍的根本原因之一，其可通过物理治疗恢复。

罕有男性性功能障碍

激素缺乏为勃起功能障碍的罕见成因。患有像克氏综合征般会使人睾丸发育不全的疾病、接受过放射治疗、化疗，及童年患有腮腺炎的人的睾丸皆可能会受损，不能产生睾酮。其他激素诱导勃起功能障碍的成因包括脑肿瘤、甲状腺功能亢进、甲状腺功能减退，及肾上腺疾病。

药物也是勃起功能障碍的成因。 服用降血压药或使用抗精神病药、抗抑郁药、镇静剂、麻醉药、抗酸剂或酒精的人可能会出现性功能和性欲减退问题。

阴茎异常勃起是指阴茎即使在没受到任何刺激的情况下，也在数小时或以上的跨度内维持勃起。当血液困在阴茎内无法流出时便会发生这种情况。如果不及时治疗，便有机会导致永久性的勃起能力丧失疤痕。患有镰刀型红血球疾病和滥用某些药物的人较易出现这种情况。