1、结节性多动脉炎与显微镜下多血管炎，韦格纳肉芽肿病和Churg-Strauss综合征等其他类型的系统性血管炎有许多相似的临床表现，需要鉴别诊断，显微镜下多血管炎与结节性多动脉炎最主要的区别是有无微小动脉(arterioles)，小静脉或毛细血管的受累，当有这些小血管受累存在时，即使伴有中等大小的动脉损伤存在，诊断应考虑为显微镜下多血管炎，另外，显微镜下多血管炎肾小球受累是其特征性表现之一，而结节性多动脉炎一般无肾小球的病变，韦格纳肉芽肿是一种中，小血管受累的坏死性血管炎，但也可累及微小血管，病理表现可见有肉芽肿形成的特征性改变，而结节性多动脉炎一般无肉芽肿形成，另外，在韦格纳肉芽肿中多为胞浆型抗中性粒细胞胞浆抗体阳性，而结节性多动脉炎一般为抗中性粒细胞胞浆抗体阴性，Churg-Strauss综合征是一种以小血管受累为主的坏死性血管炎，其病理改变也有肉芽肿形成的特征，在临床以嗜酸性粒细胞增多及哮喘为特征性表现且抗中性粒细胞胞浆抗体常阳性，这些特点易与结节性多动脉炎相鉴别。

2、另外，许多疾病如胆固醇性栓塞，败血症，感染性心内膜炎，左房黏液瘤及肿瘤等与结节性多动脉炎都有相似的临床表现，必须与之相鉴别。