1.本病应与脂肪泻患者的“棕色肠道综合征”鉴别。脂肪泻患者是肠道平滑肌细胞核周围的色素沉着，呈棕褐色，肠粘膜固有层内无色素沉着。

2.结直肠黑变病患者还应与制血性结肠炎及肠粘膜下片状出血鉴别，后两种病变多较局限，并且病变粘膜呈紫红色。