多数药物相关急性间质性肾炎预后良好，在去除诱因后肾功能损伤能完全恢复。影响急性间质性肾炎预后的因素有以下几点：①既往有基础慢性肾脏病的患者，预后差;②起病年龄大，尤其是伴有高血压，糖尿病者预后不佳;③肾小管上皮细胞刷状缘脱落，肾小管坏死者，预后差;④肾间质炎细胞弥漫浸润者预后差;⑤起病时血清肌酐水平同预后并没有相关性，但肾功能衰竭持续时间长者，预后不佳;⑥肾间质纤维化重的患者，预后差。上述情况可遗留不同程度的肾功能损害。

慢性间质性肾炎的预后与病因、肾间质病变和肾功能受损程度密切相关。彻底清除病因可延缓慢性间质性肾炎进展，干燥综合征、药物性间质性肾炎预后良好，但止痛剂肾病和中毒性肾病则预后较差。