甲状腺功能减退的病因复杂，以原发性多见，自身免疫损伤是最常见的原因，其次为甲状腺手术、继发性甲减少见。

1、自身免疫损伤：最常见的是自身免疫性甲状腺炎引起的TH合成和分泌减少，包括桥本甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎、亚急性淋巴细胞性甲状腺炎和产后甲状腺炎等。

2、甲状腺破坏：包括甲状腺次全切除、等导致甲状腺功能减退。

3、下丘脑和垂体病变：垂体外照射、垂体大腺瘤、颅咽管瘤及产后大出血引起的TRH和TSH产生和分泌减少所致。

4、碘过量：可引起具有潜在性甲状腺疾病者发生甲减，也可诱发和加重自身免疫性甲状腺炎。

5、抗甲状腺药物：如锂盐、硫脲类等可抑制TH合成。