1、早期治疗局限性感染：坏死组织清创、清除异物、重建血液循环和创伤的早期抗菌治疗，必须早期外科手术探查，引流、抗菌治疗，给于预防性抗生素，清创手术前应预防性给单剂抗生素，手术后再继续给抗生素24小时，可使术后感染率降至4%~8%。体内正常厌氧菌群慢性病灶如慢性中耳炎、鼻窦炎、乳突炎应予积极治疗，以预防颅内厌氧菌感染。

2、抗生素治疗：联合使用抗厌氧菌和需氧菌药物是非常必要的。由于不同地区、不同医院厌氧菌的耐药谱不同，经验用药时要根据本地区、本实验室的药敏谱选药。因此为提高疗效，减少抗生素的毒副作用，最好根据药敏试验选择药物治疗。抗厌氧菌类药物主要为硝基咪唑类，包括甲硝唑和替硝唑等。因为便宜，副作用小，不易产生细菌耐药，所以应用广泛，其中甲硝唑使用最多。治疗厌氧菌感染时，须采用分别对需氧菌和厌氧菌敏感的药物，上述药品一般与头孢类药物合用，提高疗效。

3、甲硝唑对耐克林霉素的脆弱拟杆菌有效,并可避免克林霉素相关性伪膜性结肠炎.有关该药潜在的致突变作用尚未见临床后果.头孢西丁和头孢替旦对厌氧菌有广泛的抗菌覆盖面.甲硝唑,亚胺培南,美罗匹宁和β-内酰胺/β-内酰胺酶联合应用,在体外试验均显示最好的抗菌作用.除甲硝唑外,所有这些药物均可单独使用,因为它们也有良好的抗需氧菌的作用。抗厌氧菌类药物的副作用，主要是消化道反应，如恶心、呕吐、头痛、头晕等。其他一些抗生素，如青霉素、氯霉素、克林霉素、头孢类、泰能等，也有抗厌氧菌的作用。但是这些药物抗菌谱比较广，容易导致菌群失调、霉菌感染等。

4、引流手术治疗：对深部厌氧菌感染的治疗应包括脓液引流和外科手术切除失活组织.抗生素配合外科手术有助于控制菌血症,减少继发性或迁徙性化脓并发症,并能防止手术部位周围的感染局部扩散。混合感染中某些菌株对抗生素耐药，抗菌疗法也仍可见效，特别当给予充分引流时，效果更好，处理混合感染中的厌氧菌可减少伤口中细菌的数量，也可减少脓肿形成的数量.脓肿或容易感染的部位，如穿孔的器官必须关闭或引流，失活的组织，异物和坏死组织必须清除.任何封闭腔隙的感染如脓胸必须引流.若可能,应重建血液供应的循环.对脓毒性血栓性静脉炎需结扎静脉并给抗菌治疗。