骨巨细胞瘤的患者约有1-6%发生肺转移，预后相对良好，部分病例其转移灶可通过手术切除而治愈，也有转移灶长年保持不变或自行消退，然而，约有20%的肺转移病例，病情可迅速发展，导致死亡，肺外转移少见，骨巨细胞瘤可发生恶性变，转变为骨巨细胞肉瘤，其恶性程度大大提高，发生恶变的机制目前尚不明确，但有大量病例证实骨巨细胞瘤经放疗后可继发肉瘤，提示放疗可加速骨巨细胞瘤的恶性进展。

骨巨细胞瘤可并发病理骨折，脊椎病变者，肿瘤可压迫神经根或脊髓，造成根性痛或截瘫。