1、首先应重视对该病的预防。人的包囊虫病多经狗传染，应控制养狗。加强牲畜管理，严防狗食染有包囊虫病的生牛、羊、马肉。注意个人卫生，不饮用生水、生乳，尤其在牧区。骨包虫病的治疗方法主要是切除病骨。

2、但有时难以将全部的病变骨彻底切除时，可采用刮除植骨的手术的方法。即彻底清除病灶后，腔内用20%的石炭酸甘油涂擦腔壁，10分钟后再用90%酒清擦洗灭活，然后用生理盐水反复冲洗骨腔再植入碎骨片。但手术中要特别注意防止子囊的扩散及囊液外流引起过敏性休克的危险。病灶刮除后，留置引流管，每日滴注20%～30%的高渗氯化钠溶液，可以杀死头节，效果良好。晚期病变广泛的患者，难于局部切除或刮除者，可考虑做关节离断术或截断术，但骨病变较长而软组织尚无广泛受侵时可做假体置换术。脊柱受侵时应及时早期清除病灶并植骨。合并截瘫时则应彻底清除病灶并做脊髓减压及应用器械内固定术，做植骨融合。