在健康情况下，一般不发病，但如全身情况差，尤其外阴阴道有损伤，局部抵抗力降低时，阿米巴滋养体便可乘虚而入，生长繁殖，引起阿米巴性阴道炎。
溃疡的形成是阿米巴性阴道炎的基本病变。当阿米巴原虫侵入阴道粘膜后，以其伪足的活动及其分泌的溶组织酶（histolytic enzyme），使粘膜细胞发生坏死，形成溃疡，边缘隆起，病灶周围有淋巴细胞及少数浆细胞浸润。溃疡表面被覆黄棕色坏死物质，内含溶解的细胞碎片，粘液和阿米巴滋养体。
