肛窦炎常需和痢疾、肠炎等引起的肛门坠痛、脓血便相鉴别;前者则肛隐窝的充血、水肿和加深，经肛内镜检测不难鉴别。肛乳头肥大与痔疮的鉴别，前者表面覆盖皮肤，后者表面则覆盖黏膜，两者极易区分。