肛门鳞状细胞癌常有肛门部位不适和瘙痒，肛门边缘有小型肿块，生长缓慢，疼痛极轻微，当侵犯到肛管或者括约肌时则有疼痛，病程长后形成溃疡，局部则有触痛，其分泌物稀淡，常混有血丝，溃疡底部有灰白色坏死组织，周边外翻及颗粒状结节，很容易结痂出血，腹股沟淋巴结肿大等，腹股沟淋巴结是转移的好发部位，也可向盆腔淋巴结转移，在诊断中早期局限的病变应与乳头状瘤，湿疣，血栓外痔，肛裂及肉芽肿性溃疡区别诊断。