1、发热性疾病，如以发热为主要表现者，需与伤寒、败血症、结核、风湿热和系统性红斑狼疮等相鉴别。
2、心力衰竭，以心力衰竭为主要表现伴有低热或无发热者，应与心脏病并发心力衰竭相鉴别。
3、风湿性心肌炎，活动性风湿性心肌炎与本病的鉴别较困难，因二者均可有发热、贫血、血沉增快以及心脏损害，但如有栓塞、脾大、血尿、杵状指及血培养阳性，特别是二维超声心动图检查发现有较大赘生物，则支持感染性心内膜炎的诊断。
4、左房黏液瘤，有时本病和左房黏液瘤不易鉴别，但感染性心内膜炎患儿赘生物出现在左心房内少见。
