肺包虫囊叶主要应与肺脓肿、空洞型肺结核、肺大泡合并感染及先天性周围型肺囊肿鉴别。肺脓肿临床表现较重,CT上脓肿周围肺纹理反应明显,壁厚薄不均,且见不到囊内花边样改变。空洞型肺结核一般较小,周围可见卫星灶;且有播散病灶。肺大泡合并感染可见液平,壁菲薄均匀,直径较小。周围型肺囊肿可见液平,壁薄均匀,常合并支气管肺发育不良。