1、NGU应与淋菌性尿道炎,生殖器疱疹,生殖器念珠菌病等鉴别。
2、临床上,沙眼衣原体感染常与淋球菌感染有紧密联系,这两种病原体均可引起男性尿道炎,附睾炎,直肠炎,女性宫颈炎,尿道炎,盆腔炎等,它们引起的疾病,其临床症状和体征差别不大,因此单凭临床观察是不易区分的,而且沙眼衣原体和淋球菌可合并感染,准确的鉴别诊断有赖于实验室检查,在临床实践中,常对确定为淋球菌感染者,无论是否检查沙眼衣原体感染,均常规给予抗淋球菌和沙眼衣原体两种病原体的治疗。