1、遗传因素：  

关于唇腭裂的病因主要有以下3种学说：①认为唇腭裂患者的多个基因均具有遗传倾向性，当多个基因的效果叠加达到一定限度时，就会发生唇腭裂;②认为个体都存在发生唇腭裂的阈值，阈值的大小受多个基因与环境多因素综合作用的影响;③认为唇腭裂的发生受单个主要基因控制。目前能为大多数学者所接受的理论仍是多基因与环境多因素综合作用的阈值学说。  

2、环境因素：  

环境因素本身的影响作用虽不像基因影响那么明显，但在腭裂的发生中仍起重要作用，特别是与基因的综合作用，是引起胚突发育异常的重要原因，可疑环境因素有：  

(1)母体内环境：指母体在解剖生理上有所改变，如因供血不足而出现的低氧血症，子宫内压力和羊水的改变。母体的激素和代谢产物发生紊乱时也有可能通过胎盘影响胚儿的发育。如有的学者报道女性糖尿病患者生产先天性畸形儿的几率是正常人群的3倍以上。甲状腺素缺乏的母体也易诱发生产唇腭裂，另外，在生产唇腭裂母体内曾发现有苯丙氨酸代谢异常。母体内产生的对抗胚胎组织的抗体也可影响胎儿的正常发育。  

(2)感染：病毒、细菌和原生动物，均可感染母体、胎盘和胚胎。风疹病毒和巨细胞病毒是目前已得到证实的在人类先天性畸形中起重要作用的病毒。另外，流感病毒A2和病毒H1与含唇腭裂的先天性面部畸形的发生有一定的关系。弓形虫病的感染偶尔也可导致先天性畸形。调查发现生产先天性面裂患儿的母体感染寄生虫的几率是对照组的2～4倍。  

(3)药物：现已发现氨基蝶呤和叶酸的拮抗剂对人和动物的胚胎有明确的致畸作用。抗惊厥药物(如苯妥英钠)对人类致畸而发生唇腭裂，其中诱发腭裂的几率大于唇裂和唇腭裂。此外尚有一些药物在动物体内得到证实可诱发先天性唇腭裂，如抗生素中含N-羟-N-甲酰甘氨酸结构的药物，抗细胞有丝分裂的药物如，长春新碱，甚至阿司匹林(乙酰水杨酸)、可的松等，其中可的松有增加孕妇生产腭裂患儿的可能性。另外，国内多位学者报道，生产唇腭裂患儿的母亲有在怀孕期前3个月服用如感冒冲剂、退热止痛片等治感冒药物的病史。  

(4)X线：对妇女怀孕期间受X线照射后是否会较正常人群有更高的唇腭裂发生率的研究尚无肯定性结论。但在动物实验中证实，X线是诱发实验动物生产唇腭裂胚胎的有效手段之一。  

(5)吸烟与饮酒：已有研究证实，吸烟妇女生产唇裂和唇腭裂的几率是正常发生率的2倍。虽然尚没有证据证实怀孕期饮过量酒精与唇裂和唇腭裂的发生率增高间的必然联系，但确实存在相当典型的酒精胎儿综合征，也许这种综合征与唇腭裂的发生有着同期的胚胎早期缺陷。在实验中还发现对发生唇腭裂敏感系小鼠和非敏感小鼠注射酒精后，胚突的形态有所不同。  

(6)维生素：母体怀孕期间服用维生素有预防或减轻唇腭裂等先天性畸形发生的作用。如罗良等在动物实验中发现，维生素B12可有效地降低用地塞米松致畸的A/J小鼠先天性腭裂的发生率达40%;Briggs和Tolarova分别用维生素B6和叶酸预防孕妇生产先天性唇腭裂患儿的研究证实可较对照组降低2/5～1/3。目前较为肯定的认识是可以用维生素预防和减少约20%的唇腭裂的发生。但同时也发现，大剂量的维生素A又有诱发先天性腭裂的作用，所以母体怀孕期间，服用少量维生素A有利于胎儿的发育，但剂量过大，如超过每日10.000IU，则反而有诱发腭裂的危险。