1、病原学诊断：在体液或分泌物中查找虫体，如粪便涂片或集聚法检查肠道原虫滋养体、包囊或蠕虫卵，末梢血液涂片找疟原虫等，寄主组织内的寄生虫则可通过活体组织检查或穿刺检查而确诊。

2、免疫学诊断：目前常用的方法有皮内试验和血清免疫试验。皮内试验又可分为即刻反应和迟缓反应，肺吸虫皮试等属前者，可作为临床过筛或流行学调查。利什曼素皮试等属于后者，只在疾病恢复期出现阳性反应，仅能用作流行学调查，了解该病过去在该地的流行情况。目前常用的血清免疫学试验有间接红细胞凝集试验(IHA)、间接荧光抗体技术(IFT)及酶联免疫吸附试验(ELISA)，前者灵敏度较高，后两者灵敏度及特异性均较高。这些方法主要用于检测寄主的特异性抗体，目前也已建立检测虫体循环抗原或排泄抗原的方法，以作早期诊断及疗效的考核。

3、流行学史：来自疫区，如血吸虫病有疫水接触史、肺吸虫病有吃不熟的石蟹史等。

4、临床表现：各有其临床特征，末梢血液嗜酸粒细胞往往增高。

5、其他检查：如超声检查、CT检查等。