1、临床检查是最基本、也是最重要的，首先根据患者的发病过程和临床表现可有一初步判断，如感染性结膜炎通常是双眼发病，并可累及家人;大多数急性病毒性结膜炎最先是一眼发病，而后另眼发病;沙眼的病变以上睑为主;而病毒所致的急性滤泡性结膜炎则是以下睑为主;细菌性结膜炎的卡他症状更为显著;淋球菌所致的炎症则出现大量的脓性分泌物;这些病变特点皆有助于诊断。

2、结膜刮片的革兰染色和姬姆萨染色初步确定病原菌的种类和结膜的炎症反应特点，如果以多形核白细胞的浸润为主，常提示细菌或衣原体感染;如单核细胞增多或出现多核巨细胞，可能是病毒性感染;如上皮细胞胞浆内有包涵体，井有淋巴细胞、浆细胞，则提示衣原体感染。

3、结膜的细菌学检查：结膜刮片和分泌物的细菌培养和药敏试验，有助于病原学的诊断和指导治疗，如考虑是衣原体或病毒感染，可做实验室病原体分离或应用PCR技术帮助诊断，但是临床上较少使用。