1、本病不能单凭病史和临床表现作出诊断，胸部X线检查，电子计算机体层照相术有诊断价值，血清学试验阳性对诊断有帮助，对菌丝型抗原测定为1∶4和对酵母型抗原为1∶16，是疾病活动的有力证据，组织胞浆菌素皮内试验阳性表示过去或现在有感染，适用于普查，琼脂凝胶双相扩散试验比补体结合试验更具有特异性，但与芽生菌和球孢子菌病有交叉反应，因此必须同时作组织胞浆菌素，芽生菌素及球孢子菌素皮肤试验，以便鉴别。
2、痰，尿，血，骨髓，胸水及其他分泌物涂片或培养分离出荚膜组织胞浆菌，或病理组织切片发现酵母型真菌，可以确诊，纤支镜活检和灌洗物培养有确诊价值，更适用于未钙化结节病灶和空洞型病变，浅表淋巴结活检，肝，脾，肺等穿刺活检对确诊很重要，但内脏穿刺宜慎重。
3、进行性成人感染：表现为与利什曼病相似的脾肿大，可有贫血，白细胞减少。慢性型：X线检查可见肺部空洞形成，常不易吸收。
