1、种植学说：最早有人认为，盆腔子宫内膜异位症的发生，系子宫内膜碎片随经血逆流，通过输卵管进入盆腔而种植于卵巢或盆腔其他部位所致，临床上在月经期行剖腹探查时可在盆腔中发现经血，且经血中查见子宫内膜，剖宫手术后所形成的腹壁疤痕子宫内膜异位症，是种植学说的好例证。

2、浆膜学说：亦名化生学说，认为卵巢及盆腔子宫内膜异位症系由腹膜的间皮细胞层化生而来，副中肾管是由原始腹膜内陷发育而成，与卵巢的生发上皮，盆腔腹膜，闭锁的腹膜凹陷，如腹股沟部的腹膜鞘状突（努克管），直肠阴道隔，脐等，都是由体腔上皮分化而来，凡从体腔上皮发生之组织，均有潜在能力化生成几乎与子宫内膜不能区分的组织，因而腹膜间皮细胞可能在机械性（包括输卵管通气，子宫后位，宫颈阻塞），炎性，异位妊娠等因素刺激下，易发生化生而成异位症的子宫内膜，卵巢表面的生发上皮因属原始体腔上皮，更具有分化的潜能，在激素，炎症的影响下就可分化成胚胎时所能形成的各种组织，包括子宫内膜，卵巢是外在性子宫内膜异位症中最易累及的部位，用化生学说很易解释，种植学说不能解释超越盆腔以外的子宫内膜异位症的发生原因。

3、免疫学说：1980年Ｗeed等报道，异位内膜周围有淋巴细胞，浆细胞浸润，巨噬细胞内含有铁血黄素沉着及不同程度的纤维化，他们认为是由于异位内膜病灶做为异物，激活了机体的免疫系统所致，此后，许多学者从细胞免疫，体液免疫等方面探讨。