鉴于支原体缺乏细胞壁，故作用于细胞壁的抗生素，如β-内酰胺类抗生素均无效，如青霉素类及头孢菌素类均不可采用，氨基糖甙类在体外虽有作用，但尚无体内应用的系统报告。

肺炎支原体感染乃采用四环素及红霉素。阿齐霉素优于红霉素。奎诺酮类中的环丙沙星及洛莫沙星均有效。约10％脲解支原体对四环素耐药，大多病人四环素及红霉素仍有效。