一般情况下，真菌不会侵犯正常角膜，但当眼外伤、手术或长期局部使用抗生素、皮质类固醇以及机体抵抗力下降或角膜炎症后及干眼症等，可使非致病的真菌变为致病菌，引起角膜继发性真菌感染；或当角膜被真菌污染的农作物如谷物、枯草、树枝等擦伤及角膜异物挑除后引起真菌感染。常见的致病菌以曲霉菌多见，其次是镰刀菌、白色念珠菌、头芽孢菌及链丝菌等。

真菌分类
①丝状真菌
·黄曲霉
·烟曲霉
·镰刀菌属
·链格孢属
·弯孢菌属
·顶头孢霉
②酵母
·念珠菌属
在印度，镰刀菌属最常见，其次是曲霉属，第三是引起真菌性角膜炎的水肿性真菌。
病理生理

真菌通过上皮细胞的缺陷进入角膜基质，然后繁殖并引起组织坏死和炎症反应。上皮缺损通常由外伤引起（如角膜手术前接触镜磨损、异物等）。生物体可以穿透完整的后弹力膜进入前房或后段。真菌毒素和蛋白水解酶增加了组织损伤。
真菌性角膜炎也被描述为继发于真菌性眼内炎。在这些病例中，真菌有机体从后段通过后弹力膜进入角膜基质。另一种可能性是通过角膜巩膜小梁进入作为角膜存在的网络中的许多通道。
在西方发达国家，真菌不是引起微生物性角膜炎的常见原因。然而，在发展中国家，真菌感染极其普遍。农场受伤是最重要的原因。真菌不能穿透完整的角膜上皮。他们需要穿透性损伤或先前的上皮缺陷进入角膜。然而，一旦进入角膜，它们就能够增殖并通过角膜通道传播。
感染先前存在的上皮缺损的生物体属于结膜和附件的正常菌群。侵袭先前存在的上皮缺损最常见的病原体是念珠菌。丝状真菌是创伤后感染的主要原因。真菌的内在毒力取决于产生的真菌物质和产生的宿主反应。
丝状真菌在角膜基质中增殖而不释放趋化物质，从而延迟宿主的免疫/炎症反应。相比之下，白色念珠菌在胚芽表面产生磷脂酶A和溶血磷脂酶，促进组织的进入。镰刀菌（Fusariumsolani）是一种毒性很强的真菌，能够（和其他丝状真菌一样）在角膜基质中传播并穿透后弹力膜。
角膜外伤是真菌性角膜炎最常见、最主要的危险因素。事实上，对于有角膜外伤史的病人，尤其是有植物或土壤的病人，医生应该有高度的怀疑。
配戴隐形眼镜的创伤很小；隐形眼镜不是真菌性角膜炎的常见危险因素。念珠菌是治疗性角膜接触镜引起角膜炎的主要原因，丝状真菌与屈光性角膜接触镜的磨损有关。屈光性角膜切削术和激光原位角膜磨镶术（LASIK）可导致真菌感染，严重者可导致角膜损伤，甚至失明。如果在一个疗程中对许多患者使用受感染的液体，可能会在一系列患者中发生感染。