1、粪便检查：粪便镜检可见白细胞或脓细胞，但无红细胞，少有吞噬细胞，粪便中找到卵囊，一般用金胺-酚染色法进行筛查，可疑虫体时可用改良抗酸染色法，二者联用效果最理想。
2、病原体检查：收集患者粪便或呕吐物，查隐孢子虫卵囊是主要检测手段，可用直接涂片或浓集法，特殊染色检测。
3、免疫学检查：用酶联免疫吸附试验检测特异性抗体，IgM抗体出现早，但消失快，不易检测到;IgG抗体在感染后两个月左右出现，可持续1年余，适用于流行病学调查，免疫荧光试验(IFA)和单克隆抗体测定，敏感性和特异性均达100%。
4、必要时可用小肠粘膜活检。
