1、与桥本氏甲状腺炎作鉴别，后者常甲状腺球蛋白抗体及微粒体抗体明显增高。主要应与甲亢作区别，甲亢除有甲状腺肿以外，其甲亢症状较明显，甲状腺功能变化较突出，即有明显的T3，T4，FT3，FT4，rT3升高及TSH下降，其TRAb，TSI，TGA均可阳性，TMA多呈阳性，131Ⅰ吸碘率升高，尿碘升高，但单纯性甲状腺肿兼患神经官能症时，则鉴别诊断稍有困难，如吸131Ⅰ率都有升高，此时作T3抑制试验可有帮助，单纯性甲状腺肿有囊性变及出血时，应与亚急性甲状腺炎作鉴别诊断，亚急性甲状腺炎的甲状腺肿大程度不如单纯性大，且其病程较短有助于鉴别诊断，单纯性甲状腺肿病情不重时可伴有轻度甲减，后期有多结节肿大时可伴有甲亢，多有自主功能变化，且应与桥本病作鉴别诊断，只能靠TGA，TMA及病理解剖变化来鉴别。

2、同时在后期有巨大结节性甲状腺肿时还应与甲状腺癌作鉴别诊断。