病因尚未完全明确,部分病例可能由病毒性心肌炎发展而来;心内膜供血不足及宫内缺氧亦很可能为发病的原因。原发性心内膜弹力纤维増生症没有明显的瓣膜损害和其他先天性心脏畸形;而继发性心内膜弹力纤维増生症有左心梗阻型先天性心脏病,如严重主动脉缩窄、左心发育不良综合征、主动脉瓣闭锁或狭窄。