1、手术所致：手术为小肠瘘最常见的原因，西安医学院王居邻等报告1957～1983年间收治的82例小肠瘘中95.1%为手术后发生的，Roback等报告55例高位小肠瘘除1例为Crohn病并发肠援外均发生於手术后，手术后产生肠瘘的原因是多种多样的。

(1)胃肠道吻合口漏：是引起肠瘘的常见原因，很多吻合口漏是由於操作技术上的缺点，例如吻合两端胃肠道管径相差过多，吻合时对合不够均匀使在一处存在较大孔隙;吻合口吻合过密或过疏;吻合口血供不足或张力过高;吻合部肠壁水肿，疤痕或有癌肿浸润等，又手术后吻合口远端肠道梗阻或近侧胃肠道减压不良亦为产生吻合口瘘的原因。

(2)十二指肠瘘：由於仅有部分腹膜复盖，十二指肠在吻合或缝合后易发生瘘，按瘘发生於残端缝闭处或肠壁切开缝合处可分为端瘘和侧瘘，其中以侧瘘丢失肠液更为严重，预后也更差，端瘘多发生在胃切除术后，或因残端有疤痕组织，或因血供不足，或因缝合操作不当，如内翻过多，张力过高等引起，侧瘘很大一部分乃经十二指肠奥狄氏括约肌切开成形术后，或因切开缝合时有疏漏产生十二指肠后壁漏，或因十二指肠前壁纵切后横缝张力过高而漏;亦可发生於右肾切除术或右侧结肠手术时误伤十二指肠。

(3)手术损伤：腹部手术时如显露不佳或广泛肠粘连，或因术者经验不足，动作粗暴时可损伤肠壁或其血供应而造成肠瘘，其中特别以广泛性肠粘连手术分离最易损伤肠壁，需特别予以注意。(4)手术后遗留纱布等异物或引流管，钢丝缝线等放置不当：腹腔内遗留纱布大多造成肠穿破和腹腔脓肿，脓肿或自行穿破切口，或经手术引流后形成外瘘，腹部手术后安放引流管不当(管太硬，导管紧压肠壁上)可压迫，磨损肠壁而形成外瘘，手术后腹壁盲目戳创放入引流管时应小心轻柔以避免损伤，此外腹腔内引流管负压吸引有可能吸住肠壁，引起肠壁缺血坏死穿孔，应予避免，如有必要持续负压吸引，应当用双套管引流，为减张用钢丝缝线最好放在腹膜外，否则当肠过度胀气时钢丝压在肠壁上而发生肠瘘。

2、外伤：腹部锐性或钝性外伤均有可能损伤肠管而成肠瘘，尤其是部分位腹膜后的十二指肠，因固定而易受挤压伤，肠穿破一般进入游离腹腔，造成弥漫性腹膜炎;后壁穿破形成腹膜后脓肿，以后可破入游离腹腔。有报道针刺治疗造成肠瘘的，放射治疗也有可能损伤肠壁而造成瘘。

3、疾病造成小肠瘘：急性阑尾炎穿孔后常形成阑尾周围脓肿，引流后往往形成阑尾残端瘘，炎性肠病如Crohn病，肠结核等和肠道肿瘤均可形成肠穿破和肠瘘，Crohn病和腹腔脓肿等炎性疾病尚可造成不同肠段间的内瘘，另一种常见的内瘘为胆囊或胆管与肠段间的内瘘，当胆囊因炎症与十二指肠发生粘连后，胆囊内结石可压迫胆囊粘连处造成缺血，坏死后成为内瘘(胆囊十二指肠瘘)，胆囊瘘也可通入胃或结肠，十二指肠球部溃疡亦可合并胆囊或胆管十二指肠瘘，急性坏死性胰腺炎并发脓肿后也可破溃入肠道而形成肠瘘。