1、感染性疾病：  

·细菌性肺脓肿(链球菌属，葡萄球菌属，流感嗜血杆菌，厌氧菌)  

·真菌感染(组织胞浆菌病，芽生菌病，球孢子菌病和曲菌病)  

·其它细菌感染(弓形体病，猫抓病)  

2、结核病  

3、肿瘤性疾病：支气管肺癌，淋巴瘤，转移癌  

4、血管性疾病：肺栓塞并梗死，Wegeners肉芽肿  

5、发热期间须与其他发热性疾病及溶血性贫血进行鉴别，皮肤病损须与寻常疣，化脓性肉芽肿等鉴别。  

6、其它：结节病

诊断不能完全根据临床原因进行，需要实验室确认，因为临床体征和症状可能是非特异性的。存在针对巴尔通体感染的血清学检测；最常用的是针对IgM和IgG抗体的免疫荧光荧光抗体（IFA）分析。但是，会出现假阴性。在一项研究中，仅30％的通过PCR和DNA测序证实了Bartonella感染的患者出现了阳性滴度。抵抗柯氏杆菌，贝类，衣原体和某些立克次氏菌感染的抗体可能会发生交叉反应。蛋白质印迹试验似乎具有更高的特异性。

各种巴尔通体物种的DNA 也可以通过聚合酶链反应（PCR）在血液，脊髓液和组织中扩增；考虑到Bartonella抗体测试的交叉反应性，PCR可能是Bartonella感染最可靠和有用的测试。可以培养巴尔通体生物，但是细菌通常在实验室中生长缓慢。使用标准培养基进行培养不敏感。同样重要的是，动物研究表明，  巴尔通体感染并不总是致病的，即高百分比的健康个体可能在血清学上呈阳性反应，但并不记得以前的巴尔通体样感染。