可以引起播散性疱疹，疱疹性脑膜炎，前列腺炎，直肠炎，盆腔炎，脊髓神经根疾病等一系列并发症，在艾滋病流行的地区，该病还可增加艾滋病病毒感染的危险性。
部分生殖器疱疹病毒HSV1可能经周围神经沿神经轴转入三叉神经节，HSV2则转入骶神经节长期潜伏于神经细胞内，如机体受到创伤，高热，过敏，月经等原因引起感染和复发时，会并发腰髓部神经炎，脊髓炎，出现臀部及下肢放射性疼痛，膀胱麻痹等症，另外，生殖器疱疹常与其他性传播疾病如淋病，非淋菌性尿道炎，梅毒，尖锐湿疣，阴道念珠菌病，滴虫等混合感染，故在诊治中应该加以重视。
