一般无需治疗，除非发生感染或梗阻，切开马蹄肾的峡部可改善其引流，当马蹄肾其中一极引流不畅时，可将其切除。预防大多数病例预后尚好。当发生输尿管梗阻及感染时，应采取外科手段改善肾脏引流，这样也使抗菌治疗更为有效。