肾积水的治疗应根据梗阻病因、发病缓急、梗阻严重程度、有无并发症以及肾功能损害情况等综合考虑。肾积水是尿路梗阻所致，梗阻时间长短对肾功能的影响起到关键性的作用，应尽快解除梗阻。治疗方法取决于梗阻病因，如先天性肾盂输尿管狭窄的离断成形术、尿路结石的体外冲击波碎石或者内镜下的碎石取石术。

如果病人病情较危重,不允许作较大手术或梗阻暂时不能除去时，可在超声引导下经皮肾穿剌造瘘,将尿液直接引流出来，以利于感染的控制和肾功能的改善；待病人身体条件许可时，再治疗梗阻的病因。如梗阻病因不能除去，肾造瘘则作为永久性的治疗措施。对于输尿管难以修复的炎性狭窄、晚期肿瘤压迫或侵犯等梗阻引起的肾积水,经膀胱镜如能放置双J管长期内引流肾盂尿液，既可保护肾功能，又可显著改善病人的生活质置。双侧上尿路梗阻导致氮质血症或尿毒症，如病人没有生命危险,应优先选择解除梗阻、引流尿液，不应先作血液透析,如引流尿液后肌酐不下降或有明显高钾血症等情况,则行血液透析。重度肾积水，肾实质显著破坏、萎缩、引起肾性高血压或合并严重感染，肾功能严重丧失，而对侧肾功能正常时可切除患肾。