1、原发性因素：最常见的病因是先天畸形，比如唇腭裂。
2、继发性因素：最常见的病因是医源性因素，比如唇腭裂患者接受手术治疗，若手术时机和手术方法选择不当可能会引起上颌骨发育不足，唇裂修复术有可能导致上唇的张力过大，腭裂修复术硬腭部松弛切口处瘢痕挛缩，也可能导致严重的上颌后缩。
3、遗传、环境及生活习惯也可能导致上颌发育不足。
