1、血象：多数患者白细胞总数升高，，分类中性粒细胞显著增高，可高达90%以上。

2、脑脊液检查：色清，透明，脑脊液压力增高，细胞数增多，以淋巴细胞为主，糖与氯化物无变化，蛋白质正常或增高。

3、病毒分离：有条件单位可取脑脊液作病毒分离，但病初阳性率较低，死后可取脑组织分离病毒。

4、血清学试验：补体结合试验及血凝抑制试验，双份血清效价增加4倍以上有诊断意义，或CFT单份血清效价>1∶16;HIT单份血清效价>1∶320可诊断，中和试验由于操作较困难，一般只作流行病调查用，目前尚有用ELISA检测森林脑炎病毒IgG抗体方法，较CFI和HIT分别敏感50～200倍及10～80倍，特异性与重复性均好，未发现与乙脑免疫血清存在交叉反应，还有应用间接免疫荧光法检测血清和脑脊液中特异性IgM抗体，可作早期诊断。

5、PCR检查：应用RT-PCR技术检测早期患者血清或CSF中的病毒RNA，敏感性和特异性均高。

6、脑电图检查：多数呈弥漫性慢波或散在慢波，心电图呈T波改变。