(一)骨结核长骨骨端结核有中心型及边缘型，X线示骨质破坏，可形成寒性脓疡，并溃破。

(二)软骨肉瘤最易与之混淆，软骨肉瘤多发于成年，青少年少见，可原发或继发于软骨瘤，病变为软骨组织，肿瘤细胞位软骨陷窝中，核分裂多见，可有巨软骨细胞。

(三)内生软骨瘤多见于手足短骨内，偶在长骨及骨干，X线显示有致密钙化灶，此易与成骨细胞瘤混淆，在成人多见，病理为成熟的软骨组织，软骨细胞稀疏，核小且一致。

(四)成软骨细胞瘤与软骨粘液样纤维瘤如同时存在于同一肿瘤内，则不易区分。