本病应与毒蕈中毒鉴别。

肉毒中毒可能与Guillain-Barré综合征，脊髓灰质炎，脑卒中，重症肌无力，蜱媒性麻痹以及由箭毒或颠茄生物碱引起的中毒混淆.肌电图的检查对诊断是有帮助的，因为在大多数患者中能产生对快速重复性刺激的特征性增强反应。