临床上应首先与原发病鉴别;在组织病理上应与曲霉病鉴别，在真菌学上与其他酵母鉴别。念珠菌病可与皮肤、粘膜或内脏许多疾病类似，最后诊断有赖于真菌检查与临床相结合。因念珠菌属于人体正常菌群，故标本单纯培养阳性不能确诊为念珠菌病，必须配合直接检查和临床表现。真菌检查包括直接检查和培养，应反覆阳性且为同一菌种。直接检查应看到菌丝和成群芽胞，菌丝表示念珠菌处于致病状态，培养阳性只能说明菌种，不能说明是否具致病性。  

1、生殖器白色念珠菌病常易与生殖器毛滴虫病相混淆。它们共有的症状为生殖器瘙痒，分泌物和白带增多，但是前者生殖器分泌物为乳酪状或豆渣状，后者生殖器分泌物为灰黄色，有腥臭味。直接镜检化验有助于二者的鉴别诊断。  

2、口腔粘膜念珠菌病应与口腔粘膜台斑病、扁平苔藓、二期梅毒鉴别：  

(1)口腔扁平苔藓：损害常见于颊粘膜后侧、舌腹侧、舌背、齿龈、腭部及咽喉部，皮损为树枝状或网状银白色细纹及小丘疹，对称分布，口唇部可有轻度糜烂、渗出，有明显的粘着性鳞肩。真菌直接镜检为阴性。  

(2)粘膜白斑病：多见于中年男性，主要发生于颊、唇、舌粘膜、硬腭、齿龈等处。皮损为白色斑片，单发或多发，界限不清，边缘稍隆起，无自觉症状。组织病理为上皮不典型增生，真菌直接镜检为阴性。  

(3)二期梅毒：约1/3的二期梅毒息者可出现粘膜斑，皮损发生于唇及颊的内侧、舌、咽、扁桃体、喉部。主要表现为粘膜红肿、糜烂，上覆灰白色渗出物，边缘有一暗红色晕，无自觉症状。粘膜斑内含有大量的拇毒螺旋体。  

3、念珠菌性唇炎应与光线性唇炎鉴别。念珠菌性口角炎应与维生素B：缺乏症及细菌性口角炎相鉴别。  

4、念珠菌性脓疱疮应与细菌性脓疱疮鉴别。  

5、泌尿系统念珠菌病应与其他病菌感染导致的尿道炎，膀胱炎和肾盂肾炎等鉴别。  

6、皮肤的念珠菌感染要与湿疹、脂溢性皮炎等鉴别。病变部位取材直接镜检见到假菌丝可以确诊。