病因尚不完全明了，但大量研究已表明微生物和免疫功能缺陷与该病的发生有密切关系，研究发现放线共生放线杆菌（Aa）是JP的主要致病菌，它们的作用在于：通过产生某些细胞因子杀死人体白细胞，抑制中性粒细胞的趋化能力，从而阻碍白细胞到达感染部位。它们可产生内毒素，酶等降解结缔组织，阻止胶原合成和促进骨吸收。该细菌还可直接侵入牙周结缔组织内，破坏牙周组织。Aa可引发宿主的免疫反应，有研究表明JP患者的血清中Aa抗体明显升高，牙龈局部也产生大量的特异抗体，并进入牙周袋内，达到高于血清的水平，现已证实与Aa的糖类抗原发生反应的主要是IgG2亚类，起保护作用。  

此外，在JP的龈下菌斑中还可分离出较高比例的嗜二氧化碳嗜纤维菌属，但近年来发现该菌并非JP所特有，正常人群中也能分离到，故它在JP中的特殊意义已不太强调。另外，有大量研究证明本病患者多有白细胞功能缺陷，且这种缺陷带有家族性，患者的同胞中有的也可患JP，或虽未患牙周炎，却也有白细胞功能缺陷。