IBS主要需与下列疾病鉴别：

1、吸收不良综合征：本征常有腹泻，但大便常规可见脂肪和未消化食物。

2、慢性结肠炎：亦常有腹痛腹泻，但以粘液血便为主，结肠镜检查所见结肠粘膜充血水肿、糜烂或溃疡。

3、慢性痢疾：腹泻以脓血便为主，粪常规可见大量脓血球，或见痢疾杆菌，大便培养可见痢疾杆菌生长。

4、Cronh病：常有贫血、发热、虚弱等全身症状，肠镜检查见“线性溃疡”或肠粘膜呈“铺路石样”改变。

5、肠结核：有腹痛、腹泻、粪便中可脓血并有全身中毒症状，如消瘦、低热等，或有其他结核病灶。

6、肠肿瘤：可有腹泻，但以陈旧性血便为主，肠镜及X线钡灌肠及直肠指诊可有阳性体征。

7、其他疾病：如消化性溃疡、肝胆系统疾病等。

值得提出的是，有些患者为泻药滥用者或长期使用者，需详细采集病史，以防误诊。