通常根据历史和体格检查怀疑肠套叠。数字直肠检查（指检）对儿童特别有帮助，因为肠套叠的一部分可以被手指感觉。明确的诊断通常需要通过影像学方式进行确认。超声由于其准确性高且没有放射性，因此是诊断和排除肠套叠的首选成像方式。病变位置的表现（超声检查仪上的“甜甜圈”标志），通常在直径约3cm，可以证实诊断。看到的横向图像超声或计算机断层扫描是圆环形状的，由所生成的高回声的肠和肠系膜中央核心被低回声的外部水肿肠包围。在纵向成像中，肠套叠像一个三明治。

X射线（腹部）可以被指示来检查肠梗阻或腹腔游离气体。一些医疗机构使用空气灌肠进行诊断，因为可以使用相同的程序进行治疗。

（计算机断层扫描的小肠内陷）