婴幼儿在胚胎期就可能因母体的感染、饮食、污染的居住环境等原因，导致先天性泌尿系疾病。因此预防先天性泌尿系疾病需要孕妈做好优生优育工作，定期产检，远离致畸因素。此外，先天性泌尿疾病在怀孕的时候可通过产检发现，比如怀孕七八个月后如果检查出肾脏积水，那就很可能有这方面的问题。但是，目前的治疗主要是出生后才进行，还没有相关在出生前就进行治疗的报道或案例。
