1、急性血吸虫病：须与败血症，疟疾，伤寒与副伤寒，急性粟粒性肺结核，病毒感染，其它肠道疾病鉴别，主要根据籍贯，职业，流行季节，疫水接触史，高热，肝脏肿大伴压痛，嗜酸性粒细胞增多，大便孵化阳性为鉴别要点。

2、慢性血吸虫病：须与慢性菌痢，阿米巴痢疾，溃疡性结肠炎，肠结核，直肠癌等病鉴别，粪便孵化血吸虫毛蚴阳性可确诊，嗜酸性粒细胞增生有助于本病之诊断，肠镜检查及组织检查可有助于确诊，粪便常规检查，培养，X线钡剂灌肠，诊断性治疗有助于诊断与鉴别诊断。

3、晚期血吸虫病：须与门脉性肝硬变及其它原因所致的肝硬变鉴别，血吸虫病肝硬变的门脉高压所引起的肝脾肿大，腹水，腹壁静脉怒张改变较为突出，肝细胞功能改变较轻，肝表面高低不平，门静脉性肝硬变表现为乏力，厌食，黄疸，血管痣，肝肿大显著甚至缩小，不易摸到表面结节，且有活动性肝功改变，如转氨酶增高等。

4、异位血吸虫病：肺血吸虫病须与支气管炎，粟粒性肺结核，肺吸虫病鉴别，急性脑血吸虫病应与流行性乙型脑炎鉴别，慢性脑血吸虫病应与脑瘤及癫痫鉴别。尾蚴性皮炎需与稻田皮炎鉴别，稻田皮炎由寄生于牛，羊，鸭等动物的门静脉中的动物血吸虫尾蚴侵袭皮肤引起，多见于我国东南，东北，西南各省市，宿主排卵入水，孵出毛蚴，入锥实螺，后尾蚴逸出螺体，人接触尾蚴后便立即进入皮肤，引起皮炎，皮炎初见呈红点，逐渐扩大变为红色丘疹，皮疹一周后消退，尾蚴被消灭，病变不再发展。