本身无特殊治疗方法，如无明显症状，可进行临床观察，无需特殊治疗，有时囊肿可自行消失。如有明显的腹部不适、腹胀、腹泻等临床症状时，可行氧吸入治疗，有报告用高压氧吸入以2.5个大气压，每日1次，每次2h，2～3次后即可取得气囊肿消失和症状缓解的效果。气囊内气体主要为非氧成分，血中高浓度氧通过梯度弥散将囊内气体消除，氧进入囊肿后很快被组织代谢利用而消失。当气囊肿本身引起肠梗阻的治疗。在需手术治疗时，如病变只限于一般肠袢，可作肠部分切除及吻合术，如病变广泛则应以缓解梗阻为主。

如肠气囊肿伴随其他疾病如幽门梗阻、炎症性肠道疾病，消化道恶性肿瘤等，则应针对这些原发疾病进行治疗。

暴发性肠气囊肿症应在用广谱抗生素控制感染及胃肠减压的同时进行手术治疗，这类病人预后不佳，手术死亡率高。