1、先天性无阴茎畸形：最好的治疗方法是转归为女性，其手术包括睾丸切除及外阴成形等。  

2、隐匿阴茎畸形：治疗方法是进行综合性减肥治疗，必要时可实施阴茎成形术并辅以内分泌治疗。儿童患者应尽量在青春期前完成手术。  

3、双阴茎畸形：治疗单纯性双阴茎畸形比较简单，可保留较粗壮的一侧而将另一侧切除。  

4、小阴茎畸形：  

(1)首先解除病人的排尿困难，应尽早实施尿道整形术。  

(2)进行内分泌治疗。  

(3)必要时，可进行小阴茎增大整形术或改变性别的手术。  

5、大阴茎畸形：部分切除阴茎海绵体的缩小手术。  

6、蹼状阴茎畸形：选择阴茎成形术或尿道下裂修补术进行治疗。  

7、阴茎的弯曲畸形：切除影响阴茎伸直组织在内的阴茎整形术。  

8、包茎及包皮过长采取手术矫形，其治疗效果比较满意。  

9、尿道下裂与尿道上裂矫正阴茎疼痛性勃起与弯曲畸形，同时修复尿道。  

10、阴囊的先天畸形：选择不同的整形手术。  

11、睾丸的先天畸形对隐睾应采取及早治疗的态度。采用激素治疗外，应在学龄前完成手术。