主要与反复感染者伴肝脾肿大者相鉴别，应做四唑氮蓝实验筛查白细胞功能，同时应与下述疾病鉴别：  

1、G-6-PD缺乏症：患者白细胞G-6-PD活性也降低，一般为正常的80%左右，这种病人容易发生溶血性贫血及反复感染，由于酶的缺乏，白细胞中测不到单磷酸己糖旁路的代谢活动，它不能为亚甲蓝纠正，以此和CGD区别。  

2、白细胞谷胱甘肽过氧化酶缺乏症：病情较CGD轻，家族中无杂合子患者。  

3、家族脂色素组织细胞增生症：起病晚,仅女性发病，其粒细胞缺陷与CGD相似。  

4、阑尾周围的慢性肉芽肿应注意与升结肠癌相鉴别：位于腹膜后的阑尾,由于长期的阑尾慢性炎症，阑尾渗出，腹膜后组织包裹，反复的渗出包裹而逐渐增大，吸收的过程中形成了阑尾周围慢性肉芽肿，从外观上，质地上,肉眼很难与恶性肿瘤相区别，但回顾发热，右下腹疼痛及腹泻等病史，均符合阑尾周围慢性肉芽肿之临床表现。