麻痹性斜视的病因复杂，可能是系统性疾病的一部分，在诊治麻痹性斜视患者时，必须注意全身情况，以免延误病情。
1、先天性因素：
各种原因引起的先天性颅脑及神经系统发育异常均可能导致先天性麻痹性斜视;另外，出生时产伤、产道挤压、严重缺氧等情况也可能导致类似于先天性麻痹性斜视的表现。
2、后天性神经麻痹：
常见于：①外伤如颅底部、眼眶部发生外伤等;②炎症如周围性神经炎、脑及脑膜炎等;③脑血管疾病如脑出血、血栓等;④眼眶肿瘤或颅内肿瘤的压迫;⑤内、外毒素如病灶感染、酒精、烟草、铅、一氧化碳等;⑥全身病如高血压、糖尿病等。
3、累计眼外肌的疾患：
如眼外肌直接损伤，及神经肌肉病变，如重症肌无力;或其他一些眼外肌变性性疾病。
