通常颅骨缺损小于3cm者多无症状;施行颞肌下减压术或枕下减压术后，有肥厚的肌肉及筋膜覆盖并在缺损区可以形成坚韧的纤维性愈合层，起到原有颅骨对脑的保护作用，在临床上亦无任何症状，直径3cm以上的缺损，特别是位于额部有碍美观和安全的缺损，常有这样或那样的症状。
1、颅骨缺损处局部表现局部有胀痛，缺损边缘疼痛，不能忍受的脑搏动，缺损部高位时头皮向颅内陷入;缺损部低位时，头皮甚至合并部分脑组织，脑室向外膨出。
2、颅骨缺损综合征主要表现为头痛，头昏，患者对缺损区的搏动，膨隆，塌陷存恐惧心理，怕晒太阳，怕震动甚至怕吵闹声，往往有自制力差，注意力不易集中和记忆力下降;或有忧郁，疲倦，寡言及自卑。
3、长期颅骨缺损有脑膨出或突出时，脑组织可萎缩及囊变，小儿颅骨缺损随脑组织发育而变大，影响正常脑发育而出现智力偏低;成年人可出现反应迟钝，记忆力下降甚至局灶性神经系统症状，体征，脑膜-脑瘢痕形成时可伴癫痫。
