需与男性淋病相鉴别的疾病有：
（一）非淋菌性尿道炎
虽亦有不洁性交史，但潜伏期长（1～3周），症状轻微，尿道分泌物量少，呈浆液性或粘液脓性。沙眼原体和解脲支原体为主要病原体，少数可由阴道毛滴虫、念珠菌或单纯疱疹病毒引起，大肠杆菌见于男性同性恋的尿道炎患者。淋球菌检查阴性。
（二）非特异性尿道炎
指与性病无关的细菌性尿道炎，如继发于包茎的尿路感染，或继发于尿道导管插入术和其他尿道器械操作引起的损伤后感染。镜检常为革兰阳性球菌。
（三）Reiter综合征
主要症状发生次序为尿道炎、结膜炎和关节炎。发病与HLA-B相关，病因多为沙眼衣原体（性病型）、肠道福氏痢疾杆菌（肠型）。偶见于淋菌性尿道炎后发病者，尚可伴发脓溢性皮肤角化症（掌跖多见）及环状龟头炎等皮肤粘膜损害。
